يهدف تخصص هندسة الأنظمة الذكية إلى تجهيز الطلبة لمواكبة الثورة الصناعية الرابعة في مجالات الذكاء الاصطناعي والتحكم الآلي والأنظمة المؤتمتة. يدمج التخصص بين علوم الرياضيات التطبيقية والبرمجة الذكية ورؤية الحاسوب وتعلّم الآلة وتحليل البيانات. يبدأ الطالب بدراسة المواد الأساسية مثل التفاضل والتكامل، الفيزياء، علم البيانات، ثم ينتقل إلى مواد تخصصية مثل الحوسبة الذكية، الأنظمة المدمجة، التحكم، وأنظمة الروبوت. أسسه الأكاديمية وضعت في جامعة الطفيلة التقنية منذ تأسيس كلية الهندسة عام 2005، ويتطور التخصص سنوياً بإضافة تقنيات حديثة مثل الإنترنت الصناعي والأنظمة السيبرانية الفيزيائية. يوفر التخصص خيارات بحثية وتدريبية تتلاءم مع سوق العمل التكنولوجي المتقدم.